Cambiar en:
administrator/components/com_virtuemart/helpers/tableupdater.php

$fields['product_s_desc'] = 'varchar('.VmConfig::get('dbpsdescsize',2000).') '.$linedefault;
$fields['product_desc'] = 'varchar('.VmConfig::get('dbpdescsize',18400).') '.$linedefault;

Por ejemplo a:

$fields['product_s_desc'] = 'varchar('.VmConfig::get('dbpsdescsize',400).') '.$linedefault;

$fields['product_desc'] = 'varchar('.VmConfig::get('dbpdescsize',20000).') '.$linedefault;

Con este mod, ahora tendrá que ir a la página de configuración de máquina virtual y hacer clic en «Aplicar». Con esto las tablas se actualizarán para el nuevo tamaño.